بافر TBE 10X (تریس/بوریک اسید/EDTA) بطور شایع برای الکتروفورز اسیدهای نوکلئیک بکار می‌رود. این بافر در شرایط کمی قلیایی کارایی بالاتری دارد زیرا DNA را دپروتونه و محلول در آب کرده و در نتیجه از مانع از تجزیه آن می‌شود.

یکی از کاربردهای بافر TBE

بافر TBE 10X برای آنالیز قطعات DNA حاصل از PCR، پروتوکل‌های استخراج DNA، و یا آزمایشات کلونینگ DNA مناسب است. این محلول برای جداسازی قطعات DNA کوچک تر از 1500 جفت باز روی ژل آگارز 8/0 درصد مناسب است. بافر TBE نسبت به TAE ظرفیت بافری و در نتیجه قدرت تفکیک بالاتری دارد.

بافر TBE 10X یک راهنمای جامع

بافر TBE 10X (Tris-Borate-EDTA) یک محلول بافری است که به طور گسترده در زیست‌شناسی مولکولی، به ویژه در روش‌های مربوط به اسیدهای نوکلئیک استفاده می‌شود. این بافر ترکیبی از سه ماده اصلی است:

تریس (Tris): یک باز ضعیف که به حفظ pH محلول کمک می‌کند.
اسید بوریک: یک اسید ضعیف که همراه با تریس، یک سیستم بافری مؤثر ایجاد می‌کند.
EDTA: یک عامل کیلیت‌کننده که یون‌های فلزی دو ظرفیتی را که می‌توانند به DNA آسیب برسانند، به خود متصل می‌کند.

تهیه بافر TBE به صورتی دستی در آزمایشگاه

بافر TAE معمولاً به صورت محلول استوک 50× برای استفاده آزمایشگاهی تهیه می‌شود. محلول استوک 50× را می‌توان با حل کردن 242 گرم پایه تریس در آب، افزودن 57.1 میلی‌لیتر اسید استیک گلاسیال و 100 میلی‌لیتر محلول EDTA 500 میلی مولار (pH 8.0) تهیه کرد و حجم نهایی را به 1 لیتر رساند. این محلول استوک را می‌توان به نسبت 49:1 با آب رقیق کرد تا محلول کاری 1 × درست شود. این محلول 1× حاوی 40 میلی‌مولار تریس، 20 میلی‌مولار اسید استیک و 1 میلی‌مولار EDTA است.

چرا از بافر TBE استفاده می‌ شود؟

بافر TBE به دلیل ویژگی‌های زیر، به طور گسترده در روش‌های الکتروفورز ژل آگارز و پلی آکریل آمید استفاده می‌شود:

ثبات pH: بافر TBE به حفظ pH محلول کمک می‌کند که برای جداسازی دقیق اسیدهای نوکلئیک ضروری است.
هدایت یونی مناسب: این بافر هدایت یونی مناسبی را فراهم می‌کند که برای حرکت یون‌ها در طول فرایند الکتروفورز ضروری است.
حفاظت از DNA: EDTA موجود در بافر TBE از DNA در برابر آسیب توسط یون‌های فلزی محافظت می‌کند.

برخی از کاربردهای بافر TBE

تهیه ژل آگارز و پلی اکریل آمید
آنالیز RNA طبیعی و واسرشت شده
نورترن بلات

بافر TAE (Tris-acetate-EDTA) هم به عنوان بافر در حال لود و هم در ژل‌های آگارز استفاده می‌شود. TAE در غلظت‌های مختلف برای مطالعه تحرک DNA در محلول با و بدون کلرید سدیم استفاده شده است. با این حال، غلظت‌های بالای کلرید سدیم (و بسیاری از نمک‌های دیگر) در یک نمونه DNA، تحرک آن را به تاخیر می‌اندازد. این ممکن است منجر به تفسیر نادرست از الگوی باند DNA حاصل شود.

الکتروفورز ژل آگارز: جداسازی قطعات DNA بر اساس اندازه
الکتروفورز ژل پلی آکریل آمید: جداسازی قطعات DNA کوچک و همچنین پروتئین‌ها
انتقال Southern و Northern: انتقال اسیدهای نوکلئیک از ژل به یک غشا
سایر روش‌های بیولوژی مولکولی: مانند استخراج DNA و RNA

مزایای بافر TBE 10X

بافر TBE (تریس-بورات-EDTA) به دلیل ویژگی‌های منحصر به فرد خود، در بسیاری از آزمایش‌های زیست‌مولکولی، به ویژه الکتروفورز اسیدهای نوکلئیک، به عنوان یک انتخاب محبوب شناخته می‌شود. نسخه 10X این بافر نیز به دلیل برخی مزایا، کاربرد گسترده‌ای دارد:

ظرفیت بافری بالا

ثبات pH: بافر TBE به دلیل وجود بورات، ظرفیت بافری بالاتری نسبت به بافر TAE دارد. این ویژگی باعث می‌شود pH محلول در طول الکتروفورز پایدارتر باقی بماند.
کاهش تغییرات دمایی: پایداری pH به نوبه خود باعث کاهش تغییرات دمایی در طول فرآیند می‌شود که بر روی مهاجرت و جداسازی قطعات DNA تاثیر مثبت می‌گذارد.

نکته: اگرچه بافر TBE یکی از پرکاربردترین بافرها در زیست‌شناسی مولکولی است، اما برای برخی کاربردهای خاص، ممکن است از بافرهای دیگری مانند TAE (Tris-acetate-EDTA) استفاده شود. انتخاب نوع بافر بستگی به نوع آزمایش و شرایط خاص آن دارد.