بافر TAE 10X

بافر TAE 10X یا بافر TAE (تریس/استیک اسید/EDTA) بیشترین کاربرد را برای الکتروفورژ ژل آگارز DNA دارد اما این بافر همچنین برای الکتروفورز غیردناتوره ژل آگارز RNA هم کاربرد دارد. مولکول دو رشته ای DNA در بافر TAE نسبت به سایر بافرها سریع‌تر حرکت می‌کند. گردش بافر یا تعویض آن در طول الکتروفورز می‌تواند ظرفیت کمتر بافری را افزایش دهد. بافر TAE برای تفکیک قطعات بزرگ اسید نوکلئیک (بیشتر از 1500 جفت باز) روی ژل آگارز مناسب است. این بافر نسبت به TBE، ظرفیت بافری کمتری دارد، و بطور کلی، قطعات اسید نوکلئیک حرکت کندتری در ژل‌های بافر TAE دارند (غیر از مولکول‌های DNA دو رشته‌ای خطی، که سریع‌تر حرکت می‌کنند).

چرا از بافر TAE 10X استفاده می‌ کنیم؟

• ثبات pH: بافرها نقش مهمی در حفظ pH محلول دارند. در الکتروفورز، تغییرات pH می‌تواند بر حرکت مولکول‌های DNA تأثیر بگذارد. بافر TAE با مقاومت در برابر تغییرات pH، شرایط پایدارتری را برای جداسازی فراهم می‌کند.
• هدایت یونی: یون‌های موجود در بافر TAE به جریان الکتریکی کمک می‌کنند و باعث حرکت مولکول‌های DNA در ژل می‌شوند.
• مهار آنزیم‌های نوکلئازی: EDTA موجود در بافر TAE با یون‌های فلزی مانند منیزیم کمپلکس تشکیل می‌دهد. این یون‌های فلزی برای فعالیت آنزیم‌های نوکلئازی ضروری هستند، بنابراین EDTA با مهار این آنزیم‌ها از تخریب DNA محافظت می‌کند.

کاربردهای بافر TAE 10X

• الکتروفورز اسیدهای نوکلئیک در ژل‌های آگارز و پلی آکریل آمید.
• هم به عنوان بافر جهت لود سریع و هم به عنوان بافر آماده سازی ژل استفاده می‌شود.

ترکیب برابر بافر TAE 1X:

■ 40 میلی‌مولار تریس (pH 7.6)

■ 20 میلی مولار اسید استیک

■ 1 میلی مولار EDTA

• الکتروفورز ژل آگارز: بافر TAE 10X به طور گسترده‌ای برای جداسازی قطعات DNA با اندازه متوسط (300 تا 20000 جفت باز) استفاده می‌شود.
• تهیه ژل آگارز: بافر TAE برای تهیه ژل آگارز مورد استفاده قرار می‌گیرد.
• الکتروفورز ژل پلی آکریلامید: در برخی موارد، از بافر TAE برای الکتروفورز ژل پلی آکریلامید نیز استفاده می‌شود.

مزایای بافر TAE 10X

بافر TAE 10X (تریس-استات-EDTA) یکی از بافرهای پرکاربرد در الکتروفورز ژل آگارز است. این بافر دارای مزایای متعددی است که آن را به انتخاب مناسبی برای بسیاری از کاربردها تبدیل کرده است. در زیر به برخی از مهم‌ترین مزایای این بافر اشاره شده است:

• بازیابی بالای DNA: یکی از مهم‌ترین مزایای TAE، توانایی بالای آن در بازیابی DNA از ژل است. این ویژگی به دلیل ظرفیت بافری کمتر آن نسبت به TBE است. ظرفیت بافری کمتر به این معنی است که DNA کمتر به اجزای بافر متصل می‌شود و در نتیجه، راندمان بازیابی آن بالاتر خواهد بود.
• مناسب برای قطعات بزرگ DNA: بافر TAE به دلیل رسانایی کمتر نسبت به TBE، برای جداسازی قطعات بزرگ DNA (بیشتر از 1500 جفت باز) مناسب‌تر است. در این شرایط، قطعات بزرگ DNA با سرعت کمتری در ژل حرکت می‌کنند و به این ترتیب، جداسازی بهتری از یکدیگر خواهند داشت.
• pH پایدار: TAE دارای pH پایدارتری نسبت به برخی بافرهای دیگر است. این ویژگی به حفظ یک محیط الکتروفورزی یکنواخت کمک می‌کند و از آسیب به DNA جلوگیری می‌کند.
• کاربرد گسترده: TAE برای طیف گسترده‌ای از کاربردها، از جمله الکتروفورز ژل آگارز، تهیه ژل، تجزیه و تحلیل RNA و انتقال شمالی (Northern blotting) استفاده می‌شود.
• تهیه آسان: تهیه بافر TAE نسبتاً ساده است و به مواد شیمیایی رایج و تجهیزات آزمایشگاهی ساده نیاز دارد.

در چه مواردی TAE 10X مناسب نیست؟

با وجود تمام مزایای ذکر شده، TAE نیز مانند هر بافر دیگری، محدودیت‌هایی دارد. برای مثال، TAE برای جداسازی سریع قطعات کوچک DNA مناسب نیست. همچنین، ظرفیت بافری کمتر TAE ممکن است در برخی کاربردها، مانند الکتروفورز طولانی مدت، کافی نباشد.

در نهایت، انتخاب بین TAE و TBE به عوامل مختلفی مانند اندازه قطعات DNA، سرعت جداسازی مورد نظر و کاربرد خاص بستگی دارد.

نکات مهم در استفاده از بافر TAE

• غلظت: بافر TAE معمولاً به صورت محلول 10X تهیه می‌شود و قبل از استفاده باید رقیق شود.
• pH: pH مناسب برای بافر TAE حدود 8 است.
• نگهداری: بافر TAE را در دمای اتاق و در ظرف در بسته نگهداری کنید.

در نهایت، انتخاب نوع بافر بستگی به نوع آزمایش و اندازه قطعات DNA مورد نظر دارد.